Nel 1771 il Comune di Assago contava 730 abitanti. L'età napoleonica portò a cambiamenti poco duraturi: nel 1809 vennero unite per la prima volta Bazzana e Bazzanella, mentre nel 1811 il tutto, Assago compresa, fu sottoposto al comune di Corsico. In ogni caso, gli austriaci ripristinarono lo stato delle cose precedente al 1816.
Nel 1841 gli austriaci ritornarono sui loro passi e decisero la seconda e definitiva annessione di Bazzana e Bazzanella. Nel 1854 Assago era abitata da 762 persone. Il territorio apparteneva principalmente a cinque proprietari: conte Luigi Confalonieri, nobili Luigi e Benedetta Peluso, la parrocchia e Luigi Simonetta. Nel 1881 il territorio era diviso fra le famiglie Galloni, Monfrini, Olginati, il comune di Assago e la parrocchia.
Il 20 gennaio 1900 il comune acquistò al costo di 14 500 lire un terreno di 768 m² dalla famiglia Olginati per la realizzazione del municipio e della scuola elementare costate 17 300 lire. Il 16 ottobre 1906 si avviarono le procedure per la realizzazione di una linea elettrica, mentre il 1º ottobre 1908 quelle per la costruzione di una linea telefonica. Il 17 gennaio 1915 il consiglio comunale approvò una spesa di 15 500 lire (prezzo poi lievitato) per la realizzazione di un asilo di 400 m² che avrebbe ospitato 70 bambini.
Durante la prima guerra mondiale partirono per il fronte 167 assaghesi, tra questi 28 non fecero ritorno. L'amministrazione comunale decise di sostenere le famiglie più bisognose attraverso un risarcimento straordinario e una aiuto a decorrenza ventennale di 116 lire per gli orfani dei morti in guerra.
Il 13 agosto 1926 il podestà , Ernesto Moro, approvò la realizzazione di una cabina elettrica. Nel 1929 la prefettura di Milano avviò un progetto di fusione tra i comuni di Assago, Rozzano e Basiglio che però fallì dopo poco tempo.
Nel 1940 Assago contava 1Â 100 abitanti. La notte tra il 18 e il 19 novembre 1940, cinque aerei militari bombardieri Vickers Wellington del Commando Bombardieri dell'aeronautica militare britannica, diretti alle fabbriche Pirelli, colpirono erroneamente la cascina Cavallazza. Negli anni successivi, alcuni sfollati milanesi, trovarono riparo dai bombardamenti nelle stalle assaghesi.
Il 10 agosto 1944 due partigiani assaghesi, Giuseppe de Vecchi e Mario Idiomi, persero la vita in uno scontro militare a Noviglio.
Nel 1946 si fece un resoconto delle conseguenze della guerra e della lotta antifascista: 84 sopravvissuti rientrati, 25 ancora all'estero, 13 dispersi e 2 partigiani uccisi.
Nel 2008 la direzione distrettuale antimafia di Milano ha documentato attraverso l'inchiesta Cerberus il monopolio delle 'ndrine calabresi Barbaro-Papalia nell'area di Buccinasco, Assago e Corsico.
Lo stemma e il gonfalone del Comune di Assago sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 26 giugno 1973.
La ruota dentata richiama la presenza di fabbriche nel territorio, mentre le tre spighe alludono ai campi di cereali della zona.
Il gonfalone è un drappo di giallo.
A partire dal 2012 è stata consegnata la cittadinanza onoraria a illustri personaggi: Tenzin Gyatso, XIV Dalai Lama; Rafael Correa, presidente dell'Ecuador; Giusy Versace, atleta paralimpica.