ben cinque volte nel corso dell'Alto Medioevo finché entrò nei territori controllati dagli Este a partire dal 1299. 
Con la devoluzione di Ferrara allo Stato Pontificio e la fine del ducato estense, nel 1598, l'intera provincia, Comacchio compresa, rientrò tra i possedimenti della Santa Sede. Papa Clemente VIII unì la città valliva al territorio nella neonata Legazione di Ferrara.
Fece parte dello Stato Pontificio fino al marzo 1860, quando i territori dell'ex Legazione delle Romagne furono annessi al Regno di Sardegna per effetto dei plebisciti.
Tramite decreto a firma del Presidente della Repubblica, il 30 novembre 2024 Comacchio ottiene il titolo di Città.
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<h3 data-mw-anchor="Onorificenze">Onorificenze</h3>
<p>Comacchio è tra le città decorate al valor militare per la guerra di liberazione, insignita della medaglia di bronzo al valor militare per i sacrifici delle sue popolazioni e per l'attività nella lotta partigiana durante la seconda guerra mondiale
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<p>Fra i cittadini di Comacchio, la massima onorificenza al valor militare è stata concessa al partigiano Edgardo Fogli.
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<h2 data-mw-anchor="Monumenti_e_luoghi_d'interesse" data-mw-fallback-anchor="Monumenti_e_luoghi_d.27interesse">Monumenti e luoghi d'interesse</h2>
<h3 data-mw-anchor="Architetture_religiose">Architetture religiose</h3>

<ul><li>Duomo di Comacchio, intitolato a San Cassiano, risalente all'VIII secolo d.C., comprendeva, in origine, tre navate, mentre oggi ha un'unica navata con dodici cappelle laterali. Al suo fianco si erge la torre campanaria.</li>
<li>Monastero di Santa Maria in Padovetere (nella Valle Pega)</li>
<li>Santuario di Santa Maria in Aula Regia (X secolo)</li>
<li>Chiesa della Madonna del Rosario</li>
<li>Chiesa di San Giuseppe in Bosco Eliceo</li>
<li>Chiesa dell'Immacolata Concezione della Beata Maria Vergine a Porto Garibaldi</li>
<li>Chiesa dei Caduti o del Suffragio (1644)</li></ul>
<h3 data-mw-anchor="Architetture_civili">Architetture civili</h3>


<p>I ponti sono l'elemento qualificante del centro storico di Comacchio, dato che il centro abitato antico sorgeva su piccole isole collegate le une alle altre.
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<ul><li>Complesso architettonico dei <i>Trepponti</i>. Creato nel 1634 dall'architetto Luca Danesi, è costituito da cinque ampie scalinate (tre anteriori e due posteriori), culminanti in un piano in pietra d'Istria; è il simbolo di Comacchio;</li>
<li>Ponte degli Sbirri, XVII secolo;</li>
<li>Palazzo Bellini, XIX secolo, ospita la Galleria d'Arte Contemporanea, l'Archivio Storico, la biblioteca e gli uffici dell'assessorato alle istituzioni culturali;</li>
<li>Torre dell'Orologio (risalente al Trecento);</li>
<li>Loggia dei Mercanti o del Grano;</li>
<li>Ospedale degli infermi, imponente architettura neoclassica del XVIII secolo, realizzata da Antonio Foschini e Gaetano Genta. Ospita dal 2017 il Museo Delta Antico, che conserva una collezione di 2000 reperti che coprono l'ampio periodo dalla Protostoria al Medioevo. <br>Vi è esposto anche il carico di una nave commerciale di epoca imperiale riemersa nel 1981, precedentemente visibile in un museo dedicato. Al 2023, a 42 anni dal ritrovamento, il relitto risulta ancora in fase di "restauro" e "consolidamento" e la sua visione è interdetta al pubblico;</li>
<li>Loggiato dei Cappuccini, formato da 142 archi sostenuti da altrettante colonne di marmo e lungo oltre 400 metri.</li>
<li>Museo Remo Brindisi a Lido di Spina.</li></ul>
<h3 data-mw-anchor="Aree_naturali">Aree naturali</h3>


<p>Il Centro Visite del Parco del Delta del Po organizza escursioni nelle Valli di Comacchio, per mostrare le antiche pratiche di gestione della valle, pesca e marinatura delle anguille e delle acquardelle, e contrasto della pesca di frodo. All'interno della Manifattura dei Marinati sono visibili gli antichi camini, le friggitorie per le acquardelle, i locali e gli attrezzi per il trattamento e lo stoccaggio del pesce.
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<h2 data-mw-anchor="Società" data-mw-fallback-anchor="Societ.C3.A0">Società</h2>
<h3 data-mw-anchor="Evoluzione_demografica">Evoluzione demografica</h3>
<p>Abitanti censiti<br>
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<h3 data-mw-anchor="Etnie_e_minoranze_straniere">Etnie e minoranze straniere</h3>
<p>Al 31 dicembre 2023 i residenti stranieri sono 1.330, pari al 6,13% della popolazione.
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<h3 data-mw-anchor="Religione">Religione</h3>
<p>Comacchio è stata sede vescovile della Chiesa cattolica dall'VIII secolo al 1986, quando è stata unita all'arcidiocesi di Ferrara nell'arcidiocesi di Ferrara-Comacchio. Il duomo di Comacchio, già cattedrale della diocesi, dal 1986 è concattedrale dell'arcidiocesi. Nel comune sono presenti undici parrocchie
</p><p>Il principale luogo di devozione mariana è il